Pein y Konan invaden Konoha

Mientras Naruto es entrenado en el senjutsu, Konoha es atacada por Pein (con todos sus cuerpos) y Konan, en busca del Kyuubi sellado en el interior de Naruto. Ante la destrucción causada por los cuerpos de Pein, Tsunade envía un mensajero sapo a alertar a Naruto y Fukasaku, pero éste no llega a partir, pues Danzou lo asesina con el objetivo de mantener el Kyuubi fuera de Konoha. Mientras tanto Naruto sospecha que algo ocurre en Konoha; aunque Fukusaku le dice que si algo hubiese ocurrido, un sapo, ya les hubiese avisado. Luego de practicar la fusión, este y Fukasaku fracasan al descubrir que el Kyūbi repele al sapo. Naruto afirma entonces que la única solución posible para él es aprender a reunir la energía natural mientras se mueve, a lo que Fukasaku le responde que es completamente imposible. Naruto, sin embargo, se fija en el código que el sapo lleva grabado en la espalda y recuerda a Jiraiya y su camino del ninja: nunca rendirse, y proclama que no desistirá hasta conseguirlo. Más tarde éste continúa entrenando para reunir energía natural mientras se mueve, pero no logra dominarlo por completo ya que sus partes se convierten en rana y enseguida Fukasaku le dice que es imposible pero Naruto no se quiere dar por vencido. Fukasaku le dice que es como mirar a la derecha y la izquierda a la vez, y gracias a eso Naruto tiene una idea, la cual es usar el Kage bunshin para poder completarlo (De una manera similar a la utilizada por Naruto para aprender el Futon: Rasen-Shuriken).

Durante el mismo ataque de Pain contra Konoha, Fukasaku y Naruto son informados que el nombre de la rana que les avisaria que se necesitaba a Naruto en Konoha fue borrado de la lista, con lo cual descubren que Konoha está en problemas, mandan a una rana en busca de Shima, y realizan una invocación, al parecer gigantesca, ya que se necesita de los tres para la invocación. Sakura llora pidiendo que Naruto regrese a salvar a la aldea. Al llegar a lo que queda de Konoha, Naruto no reconoce el lugar pero lo haría gracias a Shima y esto desata su furia. Al verlo, Pain le responde al jinchuriki que se ha ahorrado muchos problemas al encontrarle. Al ver que el camino de los Demonios se disponía a atacar a Tsunade quien se encontraba cansada luego de usar el Ninpo Souzou Saisei, Naruto interviene y lo mata de un sólo golpe para asombro de todos, preparándose para luchar contra los demás Pain.